生态环境问题在某种程度上也是体制与制度上的问题，叠床架屋、九龙治水的制度体系难以应对愈加复杂的生态环境问题。
应该看到，改革生态环境监管体系，统一污染防治监管职责，可以通过释放制度红利，在降低监管成本与难度的同时，提高质量与效率；完善生态环境保护经济政策体系，有利于解决环境资源产权不明晰、价格形成机制不完善、市场机制无法有效配置等问题；健全生态环境保护法治体系，有利于丰富生态环境保护工作的法律依据，消除不同部门“依法打架”的弊病；强化生态环境保护能力保障体系，有利于满足生态环境部门在科技、物质、人才等方面的履职需要，确保能力同任务相匹配；构建生态环境保护社会行动体系，可以为各类环境社会主体提供多元化的参与平台和机制，有利于保障社会组织和公众的参与权和监督权。只有改革完善生态环境治理体系，才能提升环境治理能力，有效化解环境风险。
当前，生态环境治理体系的改革完善工作正有序推进。经济政策体系方面，经过多年的探索发展，基本建立了环境经济政策体系，环境保护税、生态补偿、绿色金融等都取得了突破。法治体系方面，我国已形成由《环境保护法》《水污染防治法》《大气污染防治法》等近20部法律组成的相对完善的生态环境法律体系，法律的针对性和可操作性不断增强。监管体系方面，新组建的生态环境部整合了相关部委的生态环境监管职能，省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革正在推进，覆盖全面、科学合理、天地一体、部门协同的现代化生态环境监测网络体系初步形成，但与监管要求依然有一定距离。能力保障体系方面，环保投入逐年增加，但占GDP的比重尚需进一步提高，大气污染成因、水体治理、土壤防治等领域的重大项目科技攻关有序推进，但核心科学与技术问题仍需进一步破解。社会行动体系方面，各类环境社会主体发展的制度体系尚不健全，参与的渠道和机制仍然单一。
改革完善生态环境治理体系，要在继续保持经济政策体系与法治体系优势、推进监管体系和能力保障体系建设的同时，着力弥补社会行动体系这一短板。一方面，进一步完善环境保护税、生态补偿、绿色金融等经济政策，更新修订固体废物污染环境防治法、环境噪声污染防治法、长江保护法等生态环境相关法律法规。另一方面，要推动监管改革工作尽快落地、生态环境监测网络体系加速建成，保证环保投入继续加大、科技研发力度不减。此外，要着力弥补社会行动体系的不足，通过建立健全环境保护宣传教育体系调动人民群众的力量，使其把建设美丽中国作为共同参与、共同建设、共同享有的事业，使全社会牢固树立生态文明价值观念。通过扶持与激励、监管与约束等多种手段，促进各环境社会主体在相关法律与政策的框架内加快发展。建立多元化公众参与平台，畅通和完善公众参与环境保护的途径、方式和机制。
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